對于氣相色譜儀氫火焰離子化檢測器來說，即使是正常使用，也會在FID噴嘴和檢測器中形成沉積物，使得儀器的靈敏度降低。因此，牢牢掌握這篇文章中介紹到的檢測器清洗方法尤為重要。
當氣相色譜儀的FID噴嘴和檢測器中出現少量沉積物時，對它進行仔細的清洗相比更換新的來說無疑是更好的選擇。
當氣相色譜儀FID玷污不太嚴重時，可不必卸下清洗，此時隻需要将色譜柱取下，用一根管子将進樣口與檢測器連接起來，然後通載氣将檢測器恒溫箱升至120℃以上。再從進樣口中注入20μL左右的蒸餾水，接下來再用幾十微升乙醇或氟利昂113溶劑進行清洗。
但是如果玷污比較嚴重，必須要拆下檢測器進行清洗。具體方法如下所示：
首先拆下收集極、極化極、噴嘴等，若噴嘴是石英材料制成的，應先将其放在水中進行浸泡過夜;若噴嘴是不鏽鋼等材料做成，則可與電極等一起，先小心的用300号~400号細砂紙打磨，用專用的清洗細金屬絲從噴嘴頂部穿入，重複插入拉出數次，直到金屬絲可以光滑移動。然後再用适當溶劑進行浸泡。
除此之外，也可用超聲波清洗器清洗，後用色譜級甲醇清洗，放置于供箱中烘幹。
後，特别要注意的是清洗後的氣相色譜儀各部件，一定要用鑷子取，勿用手摸。烘幹後裝配時也一定要小心謹慎，否則很可能會再度玷污。
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